O museu principal de Setúbal, assim como a sua galeria de arte, encontra-se localizado no histórico convento de Jesus, edificado nos finais do século XV pela ama do rei D. Manuel, Justa Rodrigues Pereira.

Este edifício, cuja construção se iniciou pelos anos de 1490-92, é o primeiro exemplar de arquitectura em estilo renascentista manuelino em Portugal. (ver A Igreja e o Retábulo do Convento de Setúbal: séculos XV e XVI d.C.).

Entre 1519 e 1530 d. C., o retábulo, uma das obras-primas do Renascimento português, foi encomendado pela Rainha D. Leonor irmã de D. Manuel e viúva de D. João II. É constituído por quatorze grandes painéis a óleo sobre madeira, possivelmente pintados pelo Mestre Jorge Afonso, sendo assim o ponto central das colecções de pintura do museu.

As colecções municipais também incluem outras obras de arte da Idade Média e do Renascimento e até períodos mais recentes. As colecções de alfaias agrícolas, fotografias, artesanato e industriais guardam-se no novo Museu de Trabalho.

O museu tem um papel central na área educativa de Setúbal e continua a desenvolver e alargar as suas colecções assim como as diversas maletas pedagógicas sobre temas históricos, vida social e contemporânea e outros temas de actualidade para circulação pelas escolas.